肾巨噬细胞肿瘤是当今十大常见的肝肿瘤之一，其中75%为肾透明巨噬细胞肿瘤（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）并占据了肾巨噬细胞肿瘤幸存者的绝大部分。为了揭示ccRCC遭遇的质子化机制，TCGA对DNA序列、表征DNA第三组、核糖体第三组来进行统计分析，解剖成都有多种言肿瘤DNA紊乱在内的ccRCC质子化特官能。分析推断VHLDNA注意到异常是一个普遍官能是从事件，随后PBRM1、SETD2、KDM5C、BAP1等官能状进行的DNA序列波动造成哮喘进展，并与首当其冲官能表型具体。这些分析表明除了第三组织起来学评估另有，可以利用质子化特官能对ccRCC患者来进行分级分析，同时解剖成ccRCC遭遇的特有DNA序列特官能。过去认为，ccRCC对传统的化疗和化疗不具备抵抗依赖官能，手术切除是角化的主要放射治疗手段。近年来，DNA序列统计分析解剖成一些巨噬细胞通路靶点，而且FDA批准了具体药物，但ccRCC患者对这些药物的反应非常受限。这提示转化成流程非常复杂，DNA序列、表征DNA第三组、核糖体第三组的单独统计分析显然所能年底地解剖成肝肿瘤的特性以确定有效的放射治疗方法有，我们需要开发新的先导统计分析策略。2019年10年底31日，来自约翰霍普金斯大学的Hui Zhang和Daniel W. Chan、密歇根大学的Marcin Cieslik和Alexey I. Nesvizhskii 、西奈山伊坎医学院的Pei Wang和临床复合物质第三组统计分析协会（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）合作在Cell杂志上发表文章Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma，通过对未放射治疗的ccRCC和配对的肿瘤旁长时间第三组织起来探头来进行DNA序列、表征DNA第三组、核糖体第三组、复合物质第三组、酪氨酸复合物质第三组学的先导统计分析，推断DNA序列统计分析解剖成一个与DNA序列各向异官能具体的独特质子化亚群；复合物质-DNA序列学先导统计分析解剖成由DNA序列改变所造成的复合物质失调，其中都有进行氟化酪氨酸糖类、复合物质译成流程和酪氨酸接收器调控等的复合物；对中抗体巨噬细胞表层高度来进行统计分析，描绘了四种以不同巨噬细胞通路为特官能的抗体官能ccRCC亚型。分析共收集110个未放射治疗的RCC探头及84个相配对的肿瘤旁长时间第三组织起来（NAT）探头，对同一个探头来进行DNA序列、核糖体第三组和复合物第三组学统计分析。复合物第三组和酪氨酸复合物第三组学统计分析分别解剖成11355种复合物和42899种磷酸肽，其中7150种复合物和20976种磷酸肽在所有探头都得到可验证。为了确保多重数据的先导统计分析，对110个探头来进行全DNA序列DNA、全另有显子DNA和总RNADNA，其中107个来进行DNA甲基化统计分析，同时75个NAT探头来进行总RNADNA。经过第三组织起来学评估和质子化特官能统计分析后，103事例ccRCC和80事例NAT探头的数据用于后续统计分析。ccRCC的DNA序列学统计分析推断生殖细胞高度的波动有：生殖细胞3p的臂高度紊乱（93%），生殖细胞5q的增高（54%）、生殖细胞14q的紊乱（42%）、生殖细胞7的增高（34%）、生殖细胞9的紊乱（21%）。其中，14个ccRCC探头中推断成较广的拷贝数官能状（CNVs），问到DNA序列的较低度各向异官能。而且级别更较低的推断成较低度的DNA序列各向异官能，这与DNA序列非整倍体和预后妨碍有关的报道相符合。61%的ccRCC推断成一种或多种易位事件，主要遭遇在生殖细胞3q位点和5号生殖细胞（20%）、2号（11%）和8号（7%）等。新型生殖细胞缩合t（3：2），即3p紊乱和2q增高，与t（3：5）缩合互不排斥；生殖细胞一整同时造成3q的增高和3p紊乱。总之，102事例ccRCC探头中都推断成3p位点的失调。体巨噬细胞官能状的统计分析结果推断，85%的ccRCC中实际上VHL的失调，是最常见的官能状；PBRM1、BAP1、KDM5C、SETD2的官能状比事例计有43%、17%、18%、16%，而且遗传病和DNA甲基化统计分析推断DNA序列的失活造成mRNA和复合物的减少。对启动子CpG半岛的甲基化来进行统计分析，根据以前报道的CpG半岛甲基化表型标志物（CIMP）来进行分类，36事例CIMP+推断成级别更较低、前期更晚、DNA序列各向异官能更较低等特官能。DNA序列波动需要通过顺式依赖官能受到影响同位点的mRNA和复合物质丰度，通过苯基依赖官能受到影响其他位点。对mRNA、复合物质和磷酸肽的先导统计分析，解剖成对核糖体高度、译成高度和译成后高度都有受到影响的DNA序列波动，并解剖成与级别具体、肿瘤与非肿瘤第三组织起来数间不同理解的DNA靶点。事例如，与PI3K-mTOR接收器具体的SQSTM1、OSBPL3、GOLPH3成现拷贝数官能状（苯基依赖官能）；多能核糖体qYY1（苯基依赖官能）遭遇官能状。对这些DNA序列波动来进行通路统计分析，推断生殖细胞3p的紊乱造成低氧接收器、巨噬细胞增殖调控和丝氨酸的升至，氟化酪氨酸、甘油糖类和TCA重复的降到有关；5q的增高造成mTORC1和MYC接收器的升至，7p的增高造成复合物译成和内膜数间充质转移接收器的升至；9p紊乱造成言制qCDKN2A紊乱，与译成是从、m TOR、MYC接收器升至有关；14q紊乱造成WNT接收器理解降到，MYC接收器、N-糖基化省略、IFN- γ接收器升至。其中75%的CIMP+实际上14q紊乱，而且CIMP+推断成MYC接收器、复合物译成升至的顺式依赖官能，并与氟化酪氨酸（OXPHOS）升至和角化粘连减少有具体官能。统计分析ccRCC肿瘤第三组织起来和非肿瘤第三组织起来的复合物理解不同，发现ccRCC中565个复合物降到，255个复合物升至，其中抗体反应、EMT、低氧、丝氨酸和mTOR接收器在中升至，TCA重复、甘油糖类和OXPHOS通路降到。丝氨酸途径的复合物和m RNA 的升至不具备耦合官能；而OXPHOS只有复合物被降到，其mRNA没有波动，表明OXPHOS的调控遭遇在译成高度。通过磷酸肽的丰度统计分析，解剖成CDK1、MAPK1（ERK2）是大多数中2个排名最较低的磷酸-质子化事件。与S期进入/进展（CDK7-MCM2）和G2/M检查点（WEE1-CDK1）具体的酪氨酸质子化在大多数中升较低；却是所有的都升至EGFR（MAPK的上游肽）的复合物和磷酸肽理解，而对VEGF肽如FLT和KDR则同样官能理解。横向统计分析所有探头中磷酸肽丰度不同，解剖成几种磷酸肽共理解网络，都有巨噬细胞增殖和心肌转化成两个不依赖于整体复合物质第三组和核糖体第三组波动的模块。基于抗体分第三组的一般特官能，并结合核糖体第三组学、复合物质第三组学的特官能，需要对ccRCC来进行分型：1）CD8+炎官能；2）CD8-炎官能；3）VEGF抗体不够；4）糖类官能抗体不够。事例如，CD8+炎官能展现成CD8+ T巨噬细胞表层高度较低，抗体逃避标记物PD1、PD-L1、PD-L2、CTLA4等DNA理解升至，14号生殖细胞紊乱频率较较低等特官能；CD8-炎官能展现成天然抗体反应的特官能，DC和巨噬巨噬细胞则有，一氟化氮和凝血级联复合物理解增高等特官能。分级是ccRCC的重要预后高效率，不一定和前期、大小有关。较低级别中，进行译成、mTOR接收器、EMT等通路的DNA在mRNA和复合物高度原则上升至，其他巨噬细胞通路则在核糖体第三组和复合物第三组成现非协同官能升至，如巨噬细胞增殖调控和DNA修复的mRNA增高，而OXPHOS和N-糖基化省略的复合物增高。低级别的显出成肽嘌呤、RAS、MAPK、Notch、RAP1接收器通路等在mRNA和复合物的增高，同时升至核糖体具体流程的复合物理解。根据的复合物第三组不同将ccRCC细分3第三组：ccRCC2较低理解天然抗体和血小板福颗粒具体的复合物，ccRCC3升至丝氨酸、mTOR接收器、低氧具体的复合物，ccRCC2和ccRCC3和较低的级别具体，仅ccRCC2与早期具体；ccRCC1升至适应官能抗体、N-糖基化省略、OXPHOS和甘油糖类具体复合物，与较低级别和晚期有关。总的来说，分析报道了利用DNA序列、表征DNA第三组、核糖体第三组、复合物质第三组、酪氨酸复合物质第三组学等多种除此以另有对ccRCC来进行大规模复合物-DNA序列学统计分析，说明了了DNA序列改变对动态的受到影响，为从质子化抗体学角度合理同样放射治疗拟议包括了依据。原始成处：Did J. Clark, Sarana M. Dhanasekaran, Francesca Petralia, et al.Integrated Proteogenomic Characterization of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.Cell, Vol. 179, Issue 4, p964?83.e31Published in issue: October 31, 2019
